Quantcast
Viewing all articles
Browse latest Browse all 4770

Давайте создадим единую сеть вятской ДНК!

Доброго вечера, друзья!

Совсем недавно я открыл для себя новый подход к изучению истории своей семьи. Я сделал аутосомный тест ДНК, известный также как Family Finder. Уже достаточно давно я интересовался темой ДНК-исследований и участвовал в её обсуждении на форуме. И даже тестировал свою Y-хромосому. Но сегодня речь пойдёт не об этом.

Суть аутосомного теста заключается в том, что тестированию подвергаются 22 из 23 пар хромосом. Не тестируются половые хромосомы X и Y (для этого есть отдельные тесты ДНК). Наличие общих сегментов ДНК указывает на родство, однако степень родства зависит от % совпадений, от размера самого большого участка, от количества общих участков и так далее. Совсем малые участки принято не рассматривать всерьёз, так как они могут быть обычным «этнофоном». В конце концов, все мы являемся родственниками.

Подробнее про аутосомный тест можно прочитать на форуме Молекулярной генеалогии: [ссылка 1], [ссылка 2], ...

Свои результаты ДНК я получил буквально две недели назад. Первое впечатление было «И это всё?». Но чуть погрузившись в тему, разобравшись со списком из нескольких тысяч совпаденцев, сделав кое-какой анализ, я стал связываться с дальними совпаденцами. Ближайших, к сожалению, не было, и самый близкий (из дальних) совпаденец оказался 3-5-юродным братом. Но согласитесь, это документальная генеалогия, а значит, есть шанс найти общих предков.

Потом появились ещё более интересные гипотезы, для проверки которых нужно идти в архив и работать в определённом направлении. Поверьте, когда все твои найденные предки жили практически в одной губернии, и вдруг появляется гипотеза, уводящая тебя в совершенно другие края, дальнейшее исследование становится интригующим!

После загрузки «сырых» данных (содержащих непосредственно генетический код) на GEDmatch, появились ещё 3000 «китов» совпаденцев. Kit — так называются загруженные данные по отдельно взятому человеку. И опять нет близких. Но GEDmatch даёт исключительную возможность смотреть список совпаденцев твоих совпаденцев ( и так далее). Это позволяет находить уже какие-то перекрёстные связи.

И тут у меня родилась идея, а что, если найти все киты пользователей Родной Вятки на GEDmatch, и построить общее генетическое древо?

Для реализации этой задумки мне пришлось сравнить список почтовых ящиков своих 3000 совпаденцев (а они что на GEDmatch, что на FTDNA доступны для просмотра) со списком почтовых ящиков пользователей Родной Вятки. Таким образом я обнаружил, что среди моих 3000 совпаденцев 11 китов были загружены пользователями нашего портала. У каждого из этих 11 я так же нашёл «вятских» совпаденцев. И так по цепочке были выгружены данные 369 китов, загруженных 73 пользователями Родной Вятки! Между всеми этими китами выстроено 1760 связей. Справедливости ради нужно заметить, что зачастую эти связи являются очень далёкими. Но это не теряет их основного смысла: они родственные и, что ценно в нашем случае, — именно вятские!

Для визуализации полученных результатов я построил граф в виде единой сети. Вот, что получилось в итоге:

Image may be NSFW.
Clik here to view.

Как видите, все мы связаны между собой вполне себе зримыми нитями родственных связей! Осталось лишь найти их документальные подтверждения.

Изначально мне хотелось на выходе получить удобную визуализацию с тем, чтобы можно было анализировать связи и получать какие-то результаты. Но итоговая сеть оказалась слишком сложной. Даже увеличивая масштаб, разобраться во всех этих хитросплетениях не так-то просто.

Поэтому дальше я сделал выборку только тех связей, где по мнению алгоритмов GEDmatch между сравниваемыми китами не более 5 поколений. Итог этой выборки мне понравился гораздо больше:

Image may be NSFW.
Clik here to view.

После такой выборки остались только самые крепкие связи, которые уже вполне реально подтвердить документально. Некоторые отдельные связанные между собой «куски» общей сети и даже многие отдельные киты оказались оторванными от самой большой сети, поэтому не попали на изображение выше.

К этому графу нужны некоторые комментарии. Связи обозначают то, что между узлами сети (точками) есть совпадения по ДНК. Точки одного цвета – это киты, загруженные одним пользователем. Правда, цвета повторяются. Сами понимаете, 369 различимых цветов сгенерировать сложно :).

При приближении становится видно, что соединения между узлами отличаются по толщине — они зависят от степени родства. Чем меньше поколений назад был общий предок между китами, тем толще линия.

Кстати, граф построен таким образом, что может быть выведен онлайн, с интерактивом и масштабированием. При клике на узел подсвечиваются только связи выбранного кита, а при наведении показывается дополнительная информация. Мы с Вами можем сделать так, чтобы этот граф был дополнен списками фамилий, ведь у многих эта информация уже есть в профиле.

Image may be NSFW.
Clik here to view.

Выше я и мои две связи с другими китами (да, я тоже попал в эту выборку!), загруженные одним пользователем.

К сожалению, публиковать сеть в общем доступе я пока не могу. Вероятно, мне требуется разрешение всех пользователей, желающих участвовать в этом проекте.

Поэтому предлагаю всем сделавшим аутосомные тесты, поступить следующим образом:

  1. Загрузить свои киты на GEDmatch, если это ещё не сделано.
  2. Заполнить форму [ссылка].
  3. Принимать участие в обсуждении проекта.
  4. Если вы ещё не сделали ДНК-тест, но давно думаете, сейчас самое время решиться на это! Ещё пару-тройку дней в FTDNA и в MyHeritage действуют рождественские скидки.

Я ещё совсем новичок в этой теме, и потому сам могу что-то не до конца понимать или не владеть информацией вовсе. Но мои попытки заполнить пробелы в знаниях привели к идее создать эту сеть и завести свой проект на FTDNA и GEDmatch, посвящённые изучению вятской ДНК. Это, конечно, должна быть наша совместная работа, так что добро пожаловать в клуб ДНК-генеалогии! :) буду очень рад любой критике, помощи и советам от бывалых исследователей своей ДНК.

Для общих вопросов по ДНК есть отдельный раздел в форуме — ДНК вятских родов. В этом посте предлагаю обсуждать идею единой сети совпаденцев. Кроме того, для тех, кто уже сделал тест и готов участвовать в проекте, я создал тему на форуме: https://rodnaya-vyatka.ru/forum/123697


Viewing all articles
Browse latest Browse all 4770

Trending Articles